Ein wichtiges Einsatzgebiet der HPLC stellt die präparative Aufreinigung von Extrakten und Syntheseprodukten dar. Dabei werden mittels HPLC hochreine Einzelkomponenten aus einem Gemisch gewonnen. Um ein Gemisch in Einzelkomponente aufzureinigen, werden zuvor auf einer analytischen HPLC Anlage Methoden erarbeitet, die Aufschluss über die einzusetzenden Eluenten, einen optimalen Gradientenverlauf, die Art des Trennmaterials, die Beladung der Säule und der Probenkonzentration geben. Hiernach kann die Trennmethode in den präparativen Maßstab transferiert werden. Oft werden für Methodenentwicklung und Aufreinigung zwei verschiedene HPLC Systeme, eine analytische und eine präparative Anlage, verwendet. Mit dem Varian 940-LC kann die Methodenentwicklung und die Aufreinigung an einem optimierten HPLC System durchgeführt werden. Das binäre Hochdruckpumpensystem hat in der Standardkonfiguration Pumpenköpfe mit einer maximalen Förderrate von 25 mll/min. Die Pumpen können jedoch auch bei analytischen Flussraten von z.B. 1 ml/min betrieben werden. Die Injektion der Proben geschieht über einen Autosampler, der Probenvolumina zwischen 5 und 4 500 µl injiziert. Die Varian UV- und Diodenarray Detektoren verfügen über Flusszellen mit 2 Schichtdicken. Somit sind ohne Hardwareveränderungen Peaks im µAU Bereich darstellbar, während ebenso präparative Peaks mit mehreren 10 000 AU ohne Detektoranschlag erkennbar sind.