Humanes Array-Ready Oligo Set Version 4

Operon Biotechnologies hat ein neues Array-Ready Oligo Set (AROS) für die Expressionsanalyse von H.sapiens entwickelt. Mit 35.035 70mer-Oligonukleotiden werden rund 25000 Gene und knapp 40.000 Transkripte des humanen Genoms repräsentiert. Das Design der 70mere basiert auf den Daten der Ensembl Human Database Version 28.35a (http://www.ensembl.org/), der Human RefSeq Datenbank sowie uniquen Sequenzen der H-Invitational Datenbank. Weitere Sequenzen aus anderen Datenbanken sichern eine komplette Abdeckung des humanen Genoms inklusive des mitochondrialen Genoms, RNA Genen, microRNAs und endogenen humanen Virusgenen ab.

Aufgrund der Verwendung von „common", „partial common" und „individual transcript" Oligonukleotiden erlaubt dieses Set die Expressionsanalyse von Splicevarianten(Abb.1). Beim Design der Sequenzen wurde besonderes Augenmerk auf das Design von möglichst vielen Exon-Oligos gelegt. Dabei handelt es sich um Oligosequenzen, die komplett in einem Exon liegen und keine Exongrenzen überspannen. Diese Designstrategie ermöglicht die Verwendung der Oligosonden sowohl zur Expressionsanalyse als auch für „Comparative Genomic Hybridisations" (CGH). Insgesamt sind 89,7% aller Oligonukleotide des humanen Sets Exon-Oligos.

Es stehen AROS für zahlreiche weitere Organismen zur Verfügung. Jedes AROS enthält 5' Amino-modifizierte 70mere, die direkt zur Herstellung von Microarrays eingesetzt werden können. Die Oligonukleotide werden getrocknet in 384-well Platten geliefert, so dass sie nach Rekonstitution im Spotting-Puffer sofort für das Drucken von Arrays zur Verfügung stehen. Eine Genliste mit Plattenpositionen und weiteren Informationen zu Genlocus, Orthologen u.v.m. wird mit den Oligonukleotiden geliefert.